Pendant la Première Guerre mondiale, Joseph De Cuyper est médecin auxiliaire sur le front de l’Yser. Il passe par différents postes : du 1DA 22ème Li, au 2ème Li, puis au 1er et 7ème Art, pour finir au 2ème Li, 2ème Bataillon.
Lors de l’offensive de libération, Joseph participe à la bataille de Houthulst - Klerken. L’armée belge avance jusqu’à Zarren, mais se heurte à une forte résistance.
Le 30 septembre 1918, à Zarren, Joseph est tué par un obus juste à côté de la maison du meunier Couchez. Son ami, le lieutenant d’artillerie Corneel Heymans – qui deviendra plus tard lauréat du Prix Nobel de médecine en 1938 – se souvient de leur dernière conversation juste avant l’impact fatal.
Il repose dans le caveau familial au cimetière central de Bruges.
Son journal « Journal de Campagne 1914-1917. Oorlogsdagboek van een hulpdokter bij het Belgisch leger », qui raconte la vie dans les tranchées, a été publié en 1968.